# TRIM65 Gene Expression Analysis

**Repository Path**: luckye520/trim65-gene-expression-analysis

## Basic Information

- **Project Name**: TRIM65 Gene Expression Analysis
- **Description**: No description available
- **Primary Language**: Unknown
- **License**: GPL-3.0
- **Default Branch**: master
- **Homepage**: None
- **GVP Project**: No

## Statistics

- **Stars**: 0
- **Forks**: 0
- **Created**: 2025-03-26
- **Last Updated**: 2025-07-25

## Categories & Tags

**Categories**: Uncategorized

**Tags**: None

## README

# TRIM65基因表达分析工具

## 项目概述

这是一个用于分析TRIM65基因表达的R脚本工具，可以自动从GEO数据库获取数据，并生成多种可视化结果，帮助研究人员深入了解TRIM65基因的表达模式和相关性。

## 功能特点

- 自动搜索并下载包含TRIM65基因的GEO数据集
- 智能识别多种格式中的TRIM65基因注释
- 生成TRIM65基因表达的箱线图，显示不同组别间的表达差异
- 分析与TRIM65相关性最高的基因并绘制散点图
- 执行PCA分析，可视化样本的聚类模式
- 内置错误处理和备选策略，确保分析流程顺利完成
- 当找不到合适数据集时，生成模拟数据用于测试和演示

## 依赖包

- GEOquery: 用于从GEO数据库下载数据
- limma: 用于基因表达分析
- ggplot2: 用于创建高质量可视化图表
- dplyr: 用于数据处理

## 安装与设置

1. 确保已安装R环境（推荐R 4.0以上版本）
2. 将脚本文件`ananly.r`下载到本地
3. 在R控制台或RStudio中运行脚本
## 生成可视化结果

![箱线图](TRIM65_boxplot_SIMULATED.png)
![相关性散点图](TRIM65_correlation_scatter_SIMULATED.png)
![PCA分析](TRIM65_pca_SIMULATED.png)